Aliments fermentés et microbiome intestinal : données de l'ECR Stanford sur la diversité microbienne et l'inflammation

Que sont les aliments fermentés et en quoi diffèrent-ils des probiotiques ?

Les aliments fermentés sont des aliments ayant subi une transformation microbienne contrôlée : lactique, acétique, éthanolique ou mixte. Il s'agit notamment du kéfir, du yaourt vivant, de la choucroute, du kimchi, du kombucha, de certains fromages et du miso. Contrairement aux gélules probiotiques contenant un ou deux souches, les aliments fermentés apportent une communauté diversifiée de micro-organismes vivants, ainsi qu'un spectre d'acides organiques, de peptides et d'acides gras à chaîne courte formés lors de la fermentation.

Condition essentielle pour conserver l'activité biologique : le produit ne doit pas subir de traitement thermique après fermentation. Un produit lactofermenté pasteurisé contient des métabolites bioactifs, mais est dépourvu de cultures vivantes.

Conception de l'étude Stanford (Cell, 2021)

Wastyk H.C., Fragiadakis G.K., Perelman D. et al. (Cell, 2021, DOI: 10.1016/j.cell.2021.06.019) ont réalisé un essai contrôlé randomisé portant sur 36 adultes en bonne santé (18 dans chaque groupe). Conception : période d'adaptation de 3 semaines, 10 semaines d'intervention, suivi de 4 semaines. Groupes : consommation élevée d'aliments fermentés (pic — 6,3 ± 2,9 portions par jour) et consommation élevée de fibres (pic — 45,1 ± 10,7 g/j, valeur initiale — 21,5 g/j). Les participants du groupe aliments fermentés consommaient du yaourt, du kéfir, du fromage blanc fermenté, du kombucha, du kimchi, de la choucroute et d'autres légumes fermentés.

La diversité du microbiome a été évaluée par séquençage de l'ARNr 16S. Le statut immunitaire a été analysé à partir de 19 protéines inflammatoires plasmatiques et de l'activation des cellules immunitaires.

Qu'est-il advenu de la diversité du microbiome ?

Dans le groupe aliments fermentés, une augmentation significative de la diversité alpha du microbiome intestinal a été enregistrée selon toutes les métriques utilisées (nombre d'ASV observés, indice de Shannon, diversité phylogénétique). La consommation d'aliments fermentés prédisait significativement la variation de l'indice de Shannon (r = 0,22). Neuf variants de séquences amplicons (ASV), principalement du phylum Firmicutes (dont quatre espèces de Lachnospiraceae), ont augmenté de façon spécifique dans le groupe aliments fermentés.

Dans le groupe fibres élevées, la diversité du microbiome n'a pas changé dans l'ensemble de la cohorte. Les auteurs interprètent cela comme une capacité enzymatique insuffisante du microbiome existant pour traiter le volume soudainement accru de fibres : davantage de fragments glucidiques non dégradés étaient détectés dans les selles des participants.

Quels ont été les effets sur les marqueurs inflammatoires ?

Dans le groupe aliments fermentés, 19 protéines inflammatoires plasmatiques ont significativement diminué. Parmi elles : l'IL-6, l'IL-10 et l'IL-12b. Parallèlement, l'activation de quatre types de cellules immunitaires a diminué. Dans le groupe fibres élevées, aucune des 19 protéines inflammatoires n'a présenté de diminution significative sur la même période.

Les auteurs soulignent : la relation est observationnelle — l'étude ne répond pas à la question des mécanismes causaux au-delà des variables mesurées. L'échantillon de 36 personnes limite la généralisabilité.

Pourquoi le régime riche en fibres n'a-t-il pas produit le même effet sur le microbiome ?

Les fibres servent de substrat à la dégradation enzymatique microbienne, mais ce processus nécessite la présence dans le microbiome de certains taxons dotés des enzymes appropriées. Lorsque le régime alimentaire est soudainement enrichi en fibres alors que la communauté microbienne dispose d'une capacité enzymatique limitée, une partie des fibres transite sans être modifiée — c'est précisément ce qui a été observé chez les participants du groupe fibres. Les aliments fermentés, quant à eux, introduisent directement des micro-organismes vivants dans l'intestin, sans passer par l'étape de constitution d'une base enzymatique.

Ces données ne signifient pas que les fibres sont inutiles — leurs effets à long terme sur la santé sont étayés par une base de preuves abondante. Elles signifient que les deux approches fonctionnent par des voies différentes et se complètent très probablement.

Que montrent les méta-analyses de 2025 ?

Mukherjee et al. (Frontiers in Nutrition, 2025, DOI: 10.3389/fnut.2025.1668889) ont réalisé une méta-analyse de 25 études (19 ECR, 4 328 participants) sur l'effet des aliments fermentés sur la fonction gastro-intestinale chez des adultes en bonne santé. Résultats : la fréquence des selles a augmenté de +0,60 fois/jour (IC 95 % : 0,04–1,16, p = 0,04), la consistance des selles selon l'échelle de Bristol s'est améliorée de +0,25 point (p = 0,03), les symptômes digestifs globaux ont diminué (SMD = −0,60, p = 0,009), le temps de transit a diminué de −13,65 min (p = 0,001). Les auteurs soulignent la variabilité de la qualité des preuves.

En complément : Caffrey et al. (Advances in Nutrition, 2025, DOI: 10.1016/j.advnut.2025.100412) — synthèse du laboratoire Sonnenburg/Gardner — ayant systématisé 12 grands essais cliniques, confirme que le protocole avec 5–6 portions par jour reproduit de façon constante l'augmentation de la diversité et la diminution des marqueurs inflammatoires.